明末清初，改朝換代，天下大亂，瘟疫橫行。

明末清初屬于繼東漢末年大疫后的又一大瘟疫時代，不過，相比于東漢末年時令人捉摸不透的疫病，這一時期的瘟疫已經有了明確的指向——天花與鼠疫。

其中以崇禎年間的鼠疫最為恐怖。

明末時的鼠疫首先出現于崇禎六年（1633年）的山西，繼而在山西等地逐漸蔓延，直至整個內陸地區。

不過，當時的鼠疫并未引起崇禎皇帝的重視，他不僅沒有派官員將疫情控制好，反而加重百姓的賦稅，致使流民逐漸增多，為鼠疫的進一步爆發提供了契機。

時間來到崇禎十年（1637年），彼時，明朝出現了一場五百年未遇的特大旱災，大片土地干裂、糧食無法生長，當時中國南、北的23個省份皆受到旱災的影響，干旱長達七年之久，特別是1640年時的干旱最為嚴重。

次年夏天，內陸地區突然開始出現大批老鼠，這些老鼠互相咬著前面老鼠的尾巴，成群結隊地穿越大河，向河南、河北、安徽等地流竄。

到了崇禎十六年（1643年），即明朝滅亡前的最后一年，大旱加上大寒（從元朝到清末，這中間都屬于「明朝的小冰河期」，特別是明朝末年，正值世界歷史上赫赫有名的第四次小冰河期巔峰，廣東的一場大雪令無數牲畜、動植物、莊稼凍死，農業遭受毀滅性打擊），迫使鼠疫在全國范圍內徹底爆發，就連皇帝居住的北京城，也成了疫病的重災區。

這主要是因為連年的干旱與寒冷破壞了作物的生長，糧食減產十分嚴重，且全國受災害影響的范圍廣，許多以種植為生的百姓都淪為災民。

他們沒有糧食，吃不上飯餓得難受，就會去挖老鼠洞穴中的糧食來吃，待到老鼠洞中的糧食吃光了則又開始吃起了老鼠的尸體，致使老鼠身上的病菌留在了人體內，最終導致了鼠疫的大爆發。

據《明史》與各地方史志記載，當時全國各地因鼠疫而死之人不計其數，而光是北京一城，就有幾十萬之多。百姓一旦感染上鼠疫，便會吐血不止直至死亡，致使城中遍地都是哀嚎痛苦之聲。

疫病得不到控制，朝廷卻變本加厲地征收賦稅，終于，各地民變不可避免地爆發了。

出身于平民之家的李自成揭竿而起，自稱「闖王」，很快便成為農民起義軍中的領袖，并以勢不可擋之勢攻向北京城。

當時的北京城內，由于防疫不當，大批的士兵皆感染鼠疫，戰斗力大幅下降，根本無力應對李自成的起義軍。很快，李自成便攻入北京，坐上了那個天下最尊貴的位置，而崇禎皇帝，則早在其攻入北京之時，便于煤山的歪脖子樹上自縊而亡了。

瘟疫為李自成的「成功」提供了助力，可當他成功后，它又一種可怕的方式席卷了他的軍隊。

一貫頑強驍勇的大順農民軍也抵擋不住肆意蔓延的鼠疫，與崇禎皇帝的軍隊一樣，他們也在短時間內戰斗力大減，最終被吳三桂與多爾袞的聯軍打敗。

那麼，為何清兵與李自成的大順農民軍多次交手卻沒感染上鼠疫？且如此恐怖的鼠疫為何在清朝時反而消失了？

首先，從十四世紀時歐洲曾爆發的大鼠疫中可知，鼠疫主要是由老鼠身上的跳蚤傳播，可偏偏這些跳蚤天生不喜歡馬的氣味，它們不會選擇寄居在馬的身上。因此，即便是大順軍多次與清兵交手，鼠疫也很難傳染到這些以騎馬作戰為主的騎兵身上。

其次，明末清初時戰亂不斷，大規模的屠殺致使千里無人，大面積的無人區相繼出現，這就在一定程度上限制了疫病的不斷流轉。且由于明末時饑荒嚴重，甚至出現了人食人的現象，更何況是老鼠，基本上能看到的老鼠都早已被抓來吃掉了，沒有了老鼠，傳播途徑也自然慢慢減少。

此外，清朝入關后男子的頭髮都由長發變成了金錢鼠尾，大批的禿頭使得跳蚤的生存環境減少，慢慢地，帶有病毒的跳蚤逐漸消失。

最后，戰亂結束，明朝曾經的政權由清朝的統治者接手，為了鞏固政權，他們便會不斷發起賑災，并派醫生前去救治，從而有效阻止了災情的蔓延。

總之，明末清初的鼠疫對當時的社會造成了巨大的打擊，好在最后有人研制出了治愈疫病的配方，才使得瘟疫得到有效控制。

明末時的鼠疫加速了王朝的更替，數以萬計的人口因此喪命，而被鼠疫破壞掉的社會生產秩序，一直到清朝統治幾十年后，才慢慢恢復。

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